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Jérôme Dubois

Ingénieur R&D HPC informatique

41 ans
Permis de conduire
France
En poste Indisponible
Contactez-moi
Mon domaine de compétence principal est la performance en environnement hautement distribué. Les architectures que je maîtrise sont les GPUs, les multicoeurs ou manycore (MIC).

J'ai participé à la conception d'une architecture pour le parallélisme et à sa mise en place dans plusieurs codes pré-existants (solveurs neutronique MINOS et MINARET du projet APOLLO3 notamment) avec expérimentations sur plus de 30000 coeurs.

Plus récemment, je suis référent sir l'activité grilles de calcul utilisant notamment les technologies GridServer (Datasynapse) et Symphony.

Mes compétences m'amènent souvent à participer à lé résolution de problèmes de performances sur applications séquentielles ou distribuées.
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Expériences

Ingénieur système HPC

Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives
Depuis mai 2014
CDI
Evry
France
  • mise en place infrastructure cobbler/puppet
  • gestion du stockage centralisé
  • Analyse et amélioration de la scalabilité d'applications parallèles
  • Activité sur les accélérateurs/coprocesseurs de calcul et les technologies logicielles permettant de les exploiter
  • Benchmarking et profiling multicoeurs et GPUs
  • Certification de solution de grilles pour Murex, telles que DataSynapse, Symphony, ...
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Ingénieur R&D HPC

Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives
Octobre 2011 à novembre 2012
CDI
Gif-sur-Yvette
France
  • Veille technologique sur le HPC : nouveaux matériels / paradigmes de programmation
  • Création et amélioration du framework KASH pour utiliser le matériel accélérateur (CUDA GPU, OPENCL AMD, INTEL MIC, ...)
  • Participation au Grand Challenge Curie pour utiliser plus de 200 GPUs
  • Etude et amélioration de méthodes numériques avancées hybrides asynchrones (MERAM, autotuning, ...)
  • Détails linkedin : http://www.linkedin.com/pub/jerome-dubois/10/72b/3a5
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  • Grand Challenge réalisé sur machine Pétaflopique Tera100 : aide au passage à 33000 coeurs en transport SN du solveur neutronique MINARET, projet APOLLO3.
  • Réflexion et introduction d'un schéma parallèle dans le solveur neutronique MINOS, projet APOLLO3. Utilisation de GPUs et MPI.
  • Amélioration de la scalabilité d'un algorithme de recherche de valeurs propres : plus de mille coeurs pour une exécution avec accélération superlinéaire. Réduction du temps de calcul de 1h à 4 secondes via la méthode MERAM.
  • Calcul sur Accélérateurs : GPUs, Cell, Multicore.
  • Etude de précision numérique, problèmes de valeur propres
  • Encadrement de stagiaires / projets de fin d'études
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  • Dans le cadre du master 2 IHP en HPC, formé des étudiants aux problématiques data-parallel pour le HPC. Application aux GPUs et MPI. TP sur machine du CINES.
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  • Enseigné la programmation GPU CUDA dans le cadre de l'option Calcul Haute Performance de la dernière année du cycle Ingéniieur Génie Informatique et Statistiques (GIS).
  • Assuré les TD et TPs de parallélisme MPI ainsi que le calcul vectoriel. Application à l'algèbre linéaire et problèmes distribués : jeu de la vie, ...
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  • Etude de performance sur architecture multicoeur multisocket.
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Formations

Programming Accelerators with OpenACC and CUDA C/Fortran

ISC2012

Juin 2012
NVIDIA engineers and The Portland Group present a tutorial on programming GPUs using the newly available OpenACC compilers and CUDA for scientific and engineering tasks. OpenACC directives allow developers to make simple and portable code changes, enabling an easier migration to accelerated computing.

Programmation C++, perfectionnement - Orsys

Orsys - La Défense

Avril 2012
Contenu de la formation :
  • Gestion des opérateurs
  • Conversion et RTTI
  • La généricité
  • La STL (Standard Template Library)
  • BOOST
  • Utilisation avancée de l'héritage
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Programmation orientée Objet C++ - Orsys

Orsys - La Défense

Février 2012
Programme de cette formation C++ :
  • La syntaxe du C++ (différences entre C et C++)
  • Approche orientée objet
  • La programmation objet avec C++
  • Les classes et les objets
  • Les exceptions
  • La surcharge des opérateurs
  • Les modèles
  • Les I/O et aperçu sur la STL
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Doctorat en HPC - Thèse

Commissariat à l'Energie Atomique

Octobre 2008 à octobre 2011
Thèse en calcul hautes performances. Réflexion générale sur la parallélisation : langages, structuration d'un projet, méthodes numériques hautement scalables... Utilisation de GPUs, multicoeurs pour des applications de neutronique / calcul de valeur propre.

Activité scientifique

Commissariat à l'Energie Atomique

Depuis octobre 2008
Formations suivies :

  • Formation CAPS OpenCL, Laboratoire CAPS, Rennes, Février 2011
  • Programmation parallèle sur carte NVIDIA et intégration HMPP, CAPS Entreprise, Paris, Fév. 2009
  • Formation INSTN : Construire votre thèse et votre projet professionnel, INSTN Saclay, Jan-Sept 2009
  • Mini-School on solving sparse linear systems, INRIA-Sophia-Antipolis, avril 2009
  • International School on Nuclear Engineering – Simulation and Error Propagation, INSTN, oct. 2008
  • International School on Nuclear Engineering – Neutronics, INSTN, sept. 2008
  • Formation programmation GPU CUDA, Bruyères-le-Châtel, Juillet 2008
  • Ecole d’été CEA-EDF-INRIA - Petascale Computing : from chip to HPC center, France, Juin2008

Participations à conférences et publications :

  1. Publications papiers et journaux
  • “Performance and Numerical Accuracy Evaluation of Heterogeneous Multicore Systems for Krylov Orthogonal Basis Computation”. Jerome Dubois, Christophe Calvin and Serge Petiton, in High Performance Computing for Computational Science – VECPAR 2010.
  • “Accelerating the Restarted Arnoldi Method with GPUs using an autotuned matrix vector product”. Jerome Dubois, Christophe Calvin and Serge Petiton, in SIAM Journal on Scientific Computing, Copper Mountain Special Issue, 2011.

  1. Conférences
  • "Hybrid eigenvalue solver using a linear algebra framework for multi-core accelerated petascale supercomputer". . Calvin, L. Decobert, J. Dubois and S. Petiton. 15th SIAM Conference on Parallel Processing for Scientific Computing (Savannah 2012)
  • "Some Lessons on Hybrid High Performance Computing in Reactor Physics". Christophe Calvin, Jerôme Dubois. SIAM ICIAM 2011 – Vancouver Canada.
  • "Improving Scalability with Asynchronous Hybrid Methods for non-Hermitian Eigenproblems", Jérôme Dubois, Serge Petiton, Christophe Calvin, ICCS 2011, Tsukuba, Japan. Juin 2011.
  • "High Performance 3D Neturon Transport on Petascale and Hybrid Architectures within APOLLO3 Code”, International Conference on Mathematics and Computational Methods applied to Nuclear Science and Engineering (MC 2011), Rio de Janeiro, Brésil, Juin 2011.
  • “Auto-Tuned Linear Algebra Computations for Krylov Methods on Multicore and GPUs”. Serge G. Petiton, LIFL / MAP, France; Christophe Calvin, CEA Saclay, France. In SIAM Conference on Computational Science and Engineering, Reno, Nevada. Mars 2011.
  • "GPGPU Programming to Solve the Boltzman Neutron Transport Equation.
    Christophe Calvin, Erell Jamelot, Jerome Dubois, Serge G. Petiton. 14th SIAM Conference on Parallel Processing for Scientific Computing (Seattle 2010)(
  • "Performance and Numerical Accuracy Evaluation of Heterogeneous Multicore Systems for Krylov Orthogonal Basis Computation”. Jerome Dubois, Christophe Calvin and Serge Petiton, in High Performance Computing for Computational Science – VECPAR 2010, Berkeley, CA. Juin 2010.
  • "Accelerating the Restarted Arnoldi Method with GPUs using an autotuned matrix vector product”. Jerome Dubois, Christophe Calvin and Serge Petiton, in Eleventh Copper Mountain Conference on Iterative Methods, Copper Mountain, CO. April 2010.
  • " GPGPU Programming to Solve the Boltzman Neutron Transport Equation », Christophe Calvin, Erell Jamelot, Jérôme Dubois, in Parallel Processing for Scientific Computing, Seattle, Washington, USA. Février 2010.
    "Using GPUs and the Cell to accelerate iterative methods in neutronics”, J. Dubois and S. Petiton, in CIGIL09, Lille, France. October 2009.
  • "Krylov Subspace Computation on Hybrid Multicore Platforms”. Jerome Dubois, Christophe Calvin and Serge Petiton, in SIAM Annual Meeting, Denver, CO. July 2009.
  • "GPU and Cell applied to neutronics: dominant ratio computation with the Explicitly Restarted Arnoldi Method”. Jerome Dubois, Christophe Calvin and Serge Petiton, in 1st workshop on Petascale programming, methods and application, INSTN Saclay. June 2009

  1. Séminaires / Meetings
  • Meeting FP3C, Bordeaux, France (09/2011)

  1. Rapports Techniques
  • "Calcul massivement parallèle en transport 3D d'un réacteur rapide sodium avec APOLLO3", Jalon AG APOLLO3 – 2010. DEN/DANS/DM2S/SERMA/LLPR/RT/10-5031/A. R. Baron, C. Calvin, J. Dubois, J-J. Lautard, S. Salmons. Janvier 2011

  1. Reviewer
  • ICCS 2011 : International Conference on Computational Science 2011
  • HPC-11 2011: High Performance Computing Symposium 2011
  • 8th International Workshop on Algorithms, Models and Tools for Parallel Computing on Heterogeneous Platforms(Heteropar’10)
  • 8th International Symposium on Parallel and Distributed Computing(ISPDC09)
  • Parallel Computing 2009(ParCo09)

Master 2 Recherche Informatique - Systèmes Complexes et ALgorithmEs

Université de Lille 1

Septembre 2007 à août 2008
Ce Master 2 Recherche a été réalisé en double cursus en même temps que la dernière année d'Ecole d'Ingénieur. Les thèmes abordés sont variés : calcul scientifique, optimisation combinatoire, intelligence artificielle, reconnaissance faciale, indexation multimédia, ...

Ingénieur en Génie Informatique et Statistiques

Polytech'Lille

Septembre 2005 à août 2008
La formation présente de solides connaissances en Génie Logiciel, gestion de projet, analyse statistique décisionnelle, étude de marché et calcul scientifique.
Compétences

Calcul haute performance / Parallélisme

  • Utilisation d'accélérateurs et d'architectures hybrides via CUDA, OpenCL, HMPP
  • Programmation parallèle MPI, OpenMP, TBB, ArBB
  • Etude de la précision d'algorithmes numériques

Langues

  • Anglais : courant ( TOEIC 2010 : 955 / 990)
  • Français : maternelle
  • Allemand : notions

Développement

  • Utilisation UML
  • Design Patterns
  • Frameworks parallèles
  • Processus de développement itératif

Programmation

  • C / C++, JAVA, Python
  • J2EE, PHP, shell
  • Scheme, Smalltalk, lex & yacc

Méthodes numériques

  • Problèmes de valeurs propres : Arnoldi, QR, Puissance
  • Résolution de systèmes linéaires : GMRES, Gradient-conjugué
  • Méthodes de Krylov

Outils de calcul numérique et librairies

  • Matlab, scilab, octave
  • ATLAS, BLAS, MKL, AMCL
Centres d'intérêt

Challenges

  • Participation au challenge Acceler8 d'Intel (2011). Equipe sélectionnée parmi les finalistes.

Sport

  • Judo
  • Natation

Projets persos

  • Other
  • Développement d'un solveur de grilles de mots croisés pleines (parfaite). Python puis C++. Parallélisation multiprocessing, puis hybride OpenMP/MPI. Scalabilité très bonne, type Monte-Carlo.
  • Mise en place d'une simulation à large échelle de macro-économie et de combat
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