Jusqu'en 2012, le Centre d'Information Schengen de Strasbourg était dédié à la gestion du C.SIS (partie centrale du SIS = Système d'Information Schengen), assurée par le ministère français de l'Intérieur pour le compte de l'ensemble des Etats Membres signataires des accords de Schengen, propriétaires du système.
Un groupe de travail du Conseil de l'UE (nommé SIS-TECH), siégeant à Bruxelles, était responsable :
En 2013, la gestion de la nouvelle version du SIS a été transférée à une agence européenne nommée EU-LISA, dédiée aux grands systèmes d'information de l'Union européenne.