Claudine Lamothe
Bioinformaticienne
Situation professionnelle
En fin de contrat
En recherche active
Présentation
Après avoir passé trois ans à travailler dans le domaine des jeux vidéo, je change de carrière pour travailler en bio-informatique. J'aime beaucoup programmer, analyser des données et résoudre des problèmes. J'aimerais développer des applications pour faciliter le traitement de données massives en santé, biologie, écologie, etc.
Bio-informaticienne
CHU de Québec
Juin 2018
à octobre 2018
- Répondre aux demandes des chercheurs de la plateforme de protéomique
- Tester des logiciels d’analyse de données spectrométriques (Specter, DIAUmpire, PECAN, etc)
- Optimiser des scripts R pour un usage plus généralisé et plus robuste
- Créer des scripts Python pour télécharger des données génomiques, protéomiques et transcriptomiques via API
Bio-informaticienne
Cours "Génomique computationnelle", Université Laval, Québec
Janvier 2016
à mai 2016
- Maîtriser les notions de base en lien avec la bio-informatique: alignements, séquençage de nouvelle génération, ChIP-Seq, RNA-Seq, Graphes de de Bruijn, etc.
- Apprendre l'usage des principaux outils de bio-informatique: Bash, BLAST, BWA, samtools, TopHat2, Cufflinks
- Aligner des données génomiques ou transcriptomiques sur des génomes de références
- Annoter des données ChIP-Seq
- Présenter un rapport oral sur l'assembleur de génomes SPAdes
Développeur logiciel
Cours "R pour Scientifiques", Université Laval, Québec
Janvier 2016
à mai 2016
- Concevoir un programme simulant un jeu de mémoire et affichant les résultats de la partie selon un format pré-déterminé
- Compiler un package complet avec documentation
- Apprendre des notions de base d'optimisation de code (vectorisation, calcul en parallèle, benchmarking)
- Debugger le code en utilisant le package testthat
- Créer des graphiques détaillés à partir de jeux de données
Auxiliaire de recherche
Laboratoire Landry
Mai 2015
à septembre 2015
Stage
- Transformer des levures avec des plasmides contenant des gènes modifiés
- Vérifier la présence du gène modifié par PCR
- Envoyer l'ADN amplifié au séquençage
Auxiliaire de recherche
Laboratoire Martin Beaulieu
Mai 2014
à septembre 2014
Stage
- Effectuer du clonage moléculaire chez E. coli
- Apprendre la microscopie confocale
- Faire des assemblages Gibson
- Extraire et quantifier l'ADN par spectrophotométrie pour l'envoyer au séquençage
- Cultiver des cellules CHO
Auxiliaire de recherche
Ministère des Ressources naturelles du Québec
Juin 2013
à août 2013
Stage
- Effectuer une recherche de littérature pour un employé du Ministère
- Marquer des saumons juvéniles à la station piscicole de Tadoussac
Conseillère à la vente
Encadrement Ste-Anne
Septembre 2012
à août 2013
- Conseiller les clients sur les options d'encadrement
- Proposer des encadrements créatifs aux clients
- Préparer les commandes et effectuer le suivi avec les clients
Artiste 2D/3D
Sarbakan
Janvier 2008
à mai 2011
- Modéliser des personnages et environnements 3D
- Créer les interfaces utilisateurs
- Réaliser les ébauches d'écrans de jeux pour clients
-
Français
Expert
-
Anglais
Expert
-
Japonais
Avancé
-
Norvégien
Bon niveau
- Programmation de modules en Python
- Analyse de données génomiques et transcriptomiques
- Analyses d'expression RNA-Seq & Microarray
- Analyses statistiques (Régressions, ANOVA, tests paramétriques et non-paramétriques)
- Utilisation de bases de données publiques (UCSC Genome browser, NCBI, OMIM, etc)
-
Visual Studio Code
Bon niveau
-
Suite Anaconda
Avancé
-
RStudio
Avancé
-
Hisat2
Bon niveau
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Blast
Bon niveau
-
FastQC
Avancé
-
Cufflinks
Avancé
-
SortMeRna
Avancé
-
Git
Bon niveau
-
Samtools
Bon niveau
-
Python
Avancé
-
Java
Bon niveau
-
R
Avancé
-
Bash
Bon niveau
-
Adobe Illustrator
Avancé
-
Suite Microsoft Office
Avancé
-
Mendeley
Avancé
-
Adobe Photoshop, Lightroom et Illustrator
Expert
-
Bourse de mobilité pour stage international du FRQNT
Octroyée en décembre 2016 pour stage de trois mois au Japon
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Bourse d’études supérieures du Canada au niveau de la maîtrise
Bourse d'un an octroyée par le Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada
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Bourse de formation de maîtrise
Bourse de deux ans octroyée par le Fonds de Recherche en santé du Québec
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Bourse de recherche de premier cycle 2015
Bourse de quatre mois octroyée par le Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada
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Bourse de recherche de premier cycle 2014
Bourse de quatre mois octroyée par le Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada
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Comité du club social de l'IBIS
- Organisation d'événements sociaux
- Remplissage du coin à friandises et récolte des fonds
- Entretien de la machine à café
- Distribution de boissons lors d'événements
- Organisation d'événements sociaux
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Comité du club social de Sarbakan
- Organisation d'événements sociaux
- Prise de photo
- Organisation d'événements sociaux
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Café étudiant de l'Université d'Oslo
- Préparation du café
- Transactions à la caisse
- Ménage après fin du shift
- Préparation du café
-
Église Nordberg à Oslo
Distribution de repas préparés une fois par mois
- Photographie
- Ornithologie
