Dans la filière caprine la maîtrise du statut infectieux des animaux vis-à-vis des infections intra-mammaires (IMI) représente un enjeu majeur. Dans ce contexte est né le projet CAPRIMAM, dont le but est d’identifier les mécanismes impliqués dans la différence de résistance entre deux lignées de chèvres (sélectionnées de façon divergente sur le comptage de cellules somatiques (CCS) dans le lait) et de trouver de nouveaux prédicteurs précoces du statut infectieux.
L’objectif de mon stage, au sein de ce projet, a été de caractériser la réponse transcriptomique de la cellule épithéliale mammaire (CEM) au cours d’une IMI expérimentale à S. aureus. Pour ce faire, je disposais des prélèvements de lait de 24 chèvres (CCS+ et CCS-, vaccinées ou témoins), réalisés entre 0 et 84 heures post infection afin d’établir la cinétique de réponse à l’infection. J’ai ensuite extrait les ARN (TRIzol) de la matière grasse de ces laits (182 échantillons) -qui contient des ARN représentatifs du transcriptome de la CEM -mais aussi des cellules somatiques (125 échantillons). Ces ARN ont été contrôlés au Agilent 2100 BioAnalyzer, puis rétrotranscrits en cDNA (SuperScript III LifeTech™). J’ai enfin réalisé des qPCR sur les cDNA des CEM en ciblant des gènes connus pour être surexprimés en cas de mammite (précédents travaux).
Pour toutes les chèvres, nous avons observé une augmentation de la quantité de transcrits pour les gènes suivants : PTX3, CCL4 et IL8 (CEM), tandis que ceux codant pour la caséine αS2 diminuaient au cours de l’infection (ce qui est cohérent avec le fait que l’on obtient de moins en moins de lait au fur et à mesure que l’infection progresse). Cependant, aucune différence ne s’est a priori dégagée entre les lignées CCS+/CCS- mais seulement pour les chèvres vaccinées : réaction et retour à la normale plus rapides.
La suite du projet prévoit de passer ces échantillons en RNAseq, ce qui donnera une vision bien plus large du transcriptome. Une analyse protéomique est également programmée.
