Suite du travail sur le projet "CAPRIMAM" : • qPCR sur les cellules somatiques du lait (SYBR Green, QuantStudio™ 12K Flex Real-Time PCR System), design et validation de primers (Primer Express) • étude de la fraction protéique des laits en LC-MS, analyse des résultats (DataAnalysis Bruker Daltonics) • SDS PAGE, identification des peptides issus de la protéolyse liée à l'infection • présentation de mes résultats à la conférence Mastitis FIL-IDF 2016 en septembre • extraction des exosomes des laits infectés, analyse en LC-MS/MS des protéines exosomales, extraction et analyse des miRNA en cours
Projet "From'MIR" Analyse de laits bovins en LC-MS pour estimer la fréquence des variants des 6 lactoprotéines majeures au sein de la race Montbéliarde goo.gl/PGbfnL
Dans la filière caprine la maîtrise du statut infectieux des animaux vis-à-vis des infections intra-mammaires (IMI) représente un enjeu majeur. Dans ce contexte est né le projet CAPRIMAM, dont le but est d’identifier les mécanismes impliqués dans la différence de résistance entre deux lignées de chèvres (sélectionnées de façon divergente sur le comptage de cellules somatiques (CCS) dans le lait) et de trouver de nouveaux prédicteurs précoces du statut infectieux.
L’objectif de mon stage, au sein de ce projet, a été de caractériser la réponse transcriptomique de la cellule épithéliale mammaire (CEM) au cours d’une IMI expérimentale à S. aureus. Pour ce faire, je disposais des prélèvements de lait de 24 chèvres (CCS+ et CCS-, vaccinées ou témoins), réalisés entre 0 et 84 heures post infection afin d’établir la cinétique de réponse à l’infection. J’ai ensuite extrait les ARN (TRIzol) de la matière grasse de ces laits (182 échantillons) -qui contient des ARN représentatifs du transcriptome de la CEM -mais aussi des cellules somatiques (125 échantillons). Ces ARN ont été contrôlés au Agilent 2100 BioAnalyzer, puis rétrotranscrits en cDNA (SuperScript III LifeTech™). J’ai enfin réalisé des qPCR sur les cDNA des CEM en ciblant des gènes connus pour être surexprimés en cas de mammite (précédents travaux).
Pour toutes les chèvres, nous avons observé une augmentation de la quantité de transcrits pour les gènes suivants : PTX3, CCL4 et IL8 (CEM), tandis que ceux codant pour la caséine αS2 diminuaient au cours de l’infection (ce qui est cohérent avec le fait que l’on obtient de moins en moins de lait au fur et à mesure que l’infection progresse). Cependant, aucune différence ne s’est a priori dégagée entre les lignées CCS+/CCS- mais seulement pour les chèvres vaccinées : réaction et retour à la normale plus rapides.
La suite du projet prévoit de passer ces échantillons en RNAseq, ce qui donnera une vision bien plus large du transcriptome. Une analyse protéomique est également programmée.
En plus des enseignements scientifiques et techniques en immunologie, cette spécialité inclut de nombreux aspects professionnalisants (connaissance de l’entreprise, recherche bibliographique, statistiques,) et l’acquisition de compétences transversales (ressources humaines, communication, exposés).
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Notre projet, Captain Cook, une plateforme web visant à réduire le gaspillage alimentaire auprès des restaurateurs et boulangers, en leur proposant de vendre leurs produits restants sur notre site, a été nominé aux Entrepreneuriales Pays de la Loire pour le Prix du public.
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Formation générale en biologie, avec une approche intégrée : biologie cellulaire et moléculaire, physiologie animale, biochimie, immunologie. Apprentissage des techniques de laboratoire grâce à deux modules : Bonnes Pratiques de Laboratoire en L2 et Plateaux techniques en L3. Travail de synthèse et de présentation d'articles scientifiques récents en anglais.