Chercheur Post-Doctoral en Neurophotonique: Responsable du traitement et de l'analyse des données de recherche @ Centre de Recherche CERVO

Présentation

Pluri-disciplinaire et polyvalent par essence, je prends plaisir à résoudre des problèmes de natures et de complexités variées.

Que ce soit pour un télescope, un microscope, des instruments à bord d'un satellite ou encore des logiciels industriels, j'aime trouver des solutions qui rapprochent les utilisateurs de leurs données ou de leurs produits afin qu'ils puissent se consacrer à
l'essentiel et prendre du plaisir à travailler.

Pour en savoir plus sur me réalisations, n'hésitez pas à consulter mon cv en ligne (https://www.doyoubuzz.com/jean-michelmugnes)
ou mon profil Linkedin (https://www.linkedin.com/in/jean-michel-mugnes)

Expériences

Plus précisément employé au sein du centre de recherche, par le Laboratoire de Recherche en Neurophotonique et Psychiatrie dirigé par Pierre Marquet titulaire de la chaire d'excellence en Neurophotonique
Développement d'analyses scientifiques et techniques allant de l'estimation de performance du matériel, à l'analyse des propriétés cellulaires, en passant par l'ajustement de modèles théoriques aux données expérimentales.
Participation au projet Sentinelle Nord (sous-projet 2.4)
Conception et mise en place d'un «pipeline» de traitement d'images biologiques, faisant appel à des techniques d'analyse d'images automatique, de transfert de serveur à serveur, d’exécution de tâches sur un super-calculateur, d'optimisation d'espace et de procédés, ainsi qu'à une bonne gestion des données.
Développement d'applications avec interfaces graphiques pour les usagers du pipeline permettant: le paramétrage des différents traitements, la préparation et la visualisation des données brutes, la vérification de la qualité des données traitées, ainsi que l'extraction des résultats et mesures effectuées en cours de traitement.
Formation des étudiants et des professionnels de recherche à l'utilisation des logiciels professionnels et «faits maison» ainsi que des principes mathématiques/statistiques impliqués.
Organisation et standardisation des données de recherche dans le but de d'améliorer l'inter-opérabilité et l'efficacité du laboratoire, de faciliter le stockage et le transfert des données, ainsi que de simplifier leur exportation vers une base de données multi-disciplinaire.
Rédaction de manuels de fonctionnement, de tutoriels d'utilisation et d'articles scientifiques.
À propos du pipeline de traitement d'images:

Il devait remplir plusieurs objectifs:
- Être assez robuste pour pouvoir traiter efficacement des To de données très variées .
- Être assez flexible pour permettre l'incorporation de nouveaux traitements ou toute nouvelle combinaison de ceux existants.
- Être simple d'utilisation pour les usagers et avec un nombre limité de règles à respecter quant à la préparation des données.
- Être simple à gérer: Les taches de transfert vers le serveur distant, l’exécution des tâches, et la vérification du bon avancement de chacune des étapes de traitement se résument à 3-4 lignes de commandes.
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À propos des applications développées:

Elle doivent également remplir plusieurs objectifs:
- Être simple d'utilisation.
- Être fiable.
- Permettre une certaine flexibilité quant à leur utilisation.
- Être documentées.
- Être facile à installer sur n'importe quel poste.
- Produire des journaux d'utilisation (logbooks) facilitant le débogage et la maintenance.

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Jean-Michel Mugnes

Développeur scientifique

Chercheur Post-Doctoral en Neurophotonique: Responsable du traitement et de l'analyse des données de recherche