Réalisation d'une ontologie du glioblastome par intégration d'ontologies biologiques et médicales
Laboratoire : INSERM U936, IFR 140, Faculté de Médecine, Université de Rennes I
Modules, options, contenu des cours
Mot-clés : Représentation des connaissances, Biomédicale, transcriptome, Web sémantique
Sujet : Construction d’ontologie pour l’analyse du transcriptome
Résumé : Le développement des techniques à haut débit (e.g. les puces à ADN, la protéomique) engendre une augmentation exponentielle des données et sources biomédicales présentes sur le web, mais aussi dans les bases locales des laboratoires. Le problème qui se pose est celui de l’intégration de différents types connaissances pour permettre une meilleure analyse et donc interprétation de ces données. . Ce projet est développé dans le cadre d’un projet d’analyse du transcriptome des glioblastomes. Dans ce cadre, nous développons une ontologie de domaine qui vise à modéliser les connaissances du domaine des glioblastomes en réutilisant les connaissances (ontologies) disponibles sur le Web.
Université de Rennes1 (Codirigé avec l’ Université de Paris VI)
2003
à 2004
Modules, options, contenu des cours
Stage (6 mois) : “Intégration de connaissances basées sur des ontologies dédiée à l’analyse du transcriptome hépatique en collaboration avec l’unité INSERM U522 Rennes ”
Stage (4 mois) : “Intégration de données multisources en génomique fonctionnelle. Développement d’une application Java en lien avec une Base Mysql permettant de visualiser les ontologies UMLS® et GO™”
Stage (2 mois) : “Mise au point d’une banque d’ADN génomique chez la Bactérie Porphyromonas gingivalis, Laboratoire de Biologie Buccale (Université d’odontologie de Rennes 1).”