Eric Charpentier
Bioinformaticien
43 ans
Permis de conduire
Nantes (44000) France
En poste
Ouvert aux opportunités
Expériences
Ingénieur d'étude bioinformatique
Plateforme de bioinformatique BiRD
Depuis février 2011
CDI
Nantes
France
- Analyse des données de génotypage haut-débit
- Analyse des données de séquençage haut-débit
- Développement d’applications web et bases de données
- Administration/Gestion du cluster de calcul de la plateforme
- Administration d'une instance Galaxy et intégration d'outils
- Création de pipelines d'analyse
- Formateur aux bonnes pratiques de développement et analyses de données NGS
Ingénieur d'étude bioinformatique
l'institut du thorax
Septembre 2010
à décembre 2010
Vacataire
Nantes
France
- Création d'une interface web pour l'analyse de données aCGH
Stage M2 bioinformatique
l'institut du thorax
Mars 2010
à septembre 2010
Stage
Nantes
France
- Développement et optimisation d'outils informatiques pour l'analyse de données aCGH.
Publications
Plateforme de bioinformatique BiRD
Depuis 2011
- Retrouvez la liste de mes publications sur mon profil ORCID :
https://orcid.org/0000-0002-8571-7603
Baccalauréat scientifique - Spécialité sciences de la vie
Lycée français de Casablanca, Maroc
1998
à 2001
Centres d'intérêt
Sport
- Natation, escalade
Lectures
- Science-fiction, fantasy, policier, thriller
Permis
- Titulaire du permis A et B
Compétences
Bioinformatique
-
Analyse de puces de génotypage
Axiom
-
Analyse de données de séquençage haut-débit
Exomes, Whole genome, RNA-seq, RNA-seq 3'
- Analyse de puces aCGH
- Utilisation/Administration/Intégration d'outils Galaxy
-
Création de pipelines bioinformatiques
Snakemake
-
Utilisation des outils de contrôle de version de code
git
-
Utilisation des clusters de calcul
SGE, Ligne de commande linux
-
Formateur aux bonnes pratiques de développement
Données FAIR, Jupyter notebooks, Docker, Git, Conda
Programmation
- Java, python, R, bash
-
Création d'interfaces web
JSF, Primefaces, GWT, SmartGWT, Spring Framework, Hibernate, perl CGI
-
Base de données
MySQL
-
Création de pipelines d'analyse
Snakemake, git, markdown, R