Conception et réalisation d’un format d’images multidimensionnelles et multi-résolutions pour la microscopie virtuelle
Mon projet de stage vient de remporter le prix PULPE 2010 initié par la Communauté d’Agglomération de la Rochelle. L'appel à projets PULPE vise à rapprocher le monde universitaire et celui des entreprises de manière à favoriser l’insertion des jeunes diplômés et la promotion des compétences et savoir faire de l’Université, aussi bien en matière d’enseignement, que de recherche.
Détails de l'expérience
L’objectif a été la réalisation d’un système performant de gestion d'images pyramidales compressées (stockage multi-résolution) de très grande taille pouvant atteindre plusieurs gigaoctets. Ce système a été développé sous forme d’une bibliothèque de lecture et d’écriture intégrable dans les suites logicielles Explora Nova.
La première étape a eu pour but la réalisation d'une étude technique des différents formats de lames virtuelles existant sur le marché (privé ou libre) afin de mettre en évidence les méthodes et algorithmes proposés dans ces formats, d’en définir les limites et d’en quantifier leur performance respective.
La deuxième partie a consisté en la mise au point et l'implémentation d'une méthode de compression rapide dans un contexte d'images multi-dimensionnelles de très grande taille (optimisation de l'algorithme de décomposition en ondelettes existant, codage et stockage des coefficients).
La dernière partie du sujet a abouti sur la conception et la réalisation d'un format de fichier permettant le stockage de grandes images multi-dimensionnelles, la gestion de plusieurs résolutions et l'accès rapide à des sous-parties de l'image originale.
Description de l'entreprise
Explora Nova est une société d’instrumentation scientifique spécialisée dans le développement et la commercialisation de systèmes de microscopie automatique et d'analyse d'images pour le laboratoire. Explora Nova a installé ses solutions dans le domaine des sciences de la vie comme dans celui du contrôle qualité industriel, en Europe comme en Amérique du Nord. Explora Nova est également une structure de R&D impliquée dans plusieurs programmes internationaux.
Stratégie : Explora Nova est sur un marché de niche. Dès l’origine l’entreprise s’est tournée vers l'international. Aujourd’hui plus de la moitié des systèmes développés sont installés à l’étranger (principalement en Europe et depuis peu en Amérique du Nord).