David Perret
Chef de Projet et Formateur en Réalité Virtuelle et Augmentée
48 ans
Permis de conduire
Château-Gontier (53200) France
Porteur de projet
En recherche active
Après avoir travaillé pendant plusieurs années dans la recherche fondamentale et appliquée en bioinformatique entre l'Anjou et les bords du lac Léman, j'ai donné un nouvel élan à ma carrière en intégrant une formation en réalité virtuelle à Laval. Combiner mes connaissances scientifiques et les technologies immersives de la réalité virtuelle m'a semblé être une bonne équation. Mes centres d'intérêt dans le domaine scientifique se tournent donc de plus en plus vers les applications et les usages de la réalité virtuelle et de façon plus générale de la 3D temps réel. Pour l'heure, je mets mes compétences au service de Daily Living Rehabilitation & Stimulation (DLRS) dans laquelle j'apporte mes compétences techniques de chef de projet afin de mettre en oeuvre l'industrialisation d'un projet de recherche ANR pour les personnes atteintes de troubles cognitifs.
Post-doctorant, Institut Suisse de Bioinformatique
Institut Suisse de Bioinformatique
Septembre 2004
à août 2007
CDD
Genève
Suisse
- A la fin de mon doctorat (septembre 2004), je suis parti poursuivre ma formation par la recherche dans l'Institut Suisse de Bioinformatique en tant que post-doctorant à Genève, au sein du groupe Swiss-Prot. L'essentiel de l'activité de l'Institut Suisse de Bioinformatique basé à Genève est centré sur la maintenance d'une base de connaissances biologiques de protéines (UniProtKB/Swiss-Prot). J'ai intégré l'équipe recherche du groupe Swiss-Prot afin de développer des outils de mises à jour et d'évaluation de programmes de prédiction de certaines caractéristiques des protéines. J'ai ainsi développé certaines de mes compétences acquises lors de mon doctorat :
- Conception d'outils bioinformatique
- Coordination avec les annotateurs et les développeurs
- Programmation d'outils d'analyse de séquences en Perl
- Création et maintenance d'une base de données (MySQL)
- Conception d'interfaces web (XHTML, CSS, JavaScript, PHP)
- Veille techonologique
- Mise en place de partenariats
- Reporting
- Participation à des congrès internationaux
Pendant cette formation post-doctorale, j'ai développé deux outils :
- CaPSuLo : un outil intégratif de prédiction de la localisation subcellulaire des protéines
- DaRSy : un outil d'extraction de jeux de données de fragments de protéines répondant à certains critères (présence d'une modification post-traductionnelle) - http://biosapiens.isb-sib.ch/darsy/
- Conception d'outils bioinformatique
- Référent : Anne-Lise Veuthey
Description de l'entreprise
The Swiss-Prot group develops and maintains the UniProtKB/Swiss-Prot database. This task is performed in collaboration with the European Bioinformatics Institute (EBI) in Hinxton (UK) and the Protein Information Resource (PIR) in Georgetown (USA). These three groups form together the Universal Protein Resource (UniProt) consortium whose mission is to provide the scientific community with a comprehensive, high-quality and freely accessible resource of protein sequence and functional information.
Swiss-Prot provides concise, but thorough, descriptions of a non-redundant set of proteins including their function, domain structure, post-translational modifications and variants. Swiss-Prot is tightly integrated with other databases. Its high-quality annotation is the fruit of manual curation by expert biologists, who use information available in the scientific literature to provide an accurate description of each protein’s features. Swiss-Prot concentrates on model organisms of distinct taxonomic groups to ensure the presence of high-quality annotation for representative members of all protein families.
While manual annotation is a task that can be streamlined, it cannot cope with the speed at which new sequence data are accumulating. To address this challenge, the Swiss-Prot group is developing complex software tools that allow part of the sequence data to be automatically and accurately annotated. New tools are being elaborated to predict post-translational modifications and literature data-mining methodologies are under development.
Swiss-Prot programmers are also in charge of the development of a relational and XML version of Swiss-Prot and the UniProt web site.
Swiss-Prot provides concise, but thorough, descriptions of a non-redundant set of proteins including their function, domain structure, post-translational modifications and variants. Swiss-Prot is tightly integrated with other databases. Its high-quality annotation is the fruit of manual curation by expert biologists, who use information available in the scientific literature to provide an accurate description of each protein’s features. Swiss-Prot concentrates on model organisms of distinct taxonomic groups to ensure the presence of high-quality annotation for representative members of all protein families.
While manual annotation is a task that can be streamlined, it cannot cope with the speed at which new sequence data are accumulating. To address this challenge, the Swiss-Prot group is developing complex software tools that allow part of the sequence data to be automatically and accurately annotated. New tools are being elaborated to predict post-translational modifications and literature data-mining methodologies are under development.
Swiss-Prot programmers are also in charge of the development of a relational and XML version of Swiss-Prot and the UniProt web site.
Site web de l'entreprise
